В 1992 году училище перешло на программу пятилетнего обучения.

В этом же году в училище была введена новая специализация – инженерно-саперная, для ВДВ.

9 июля 2004 года Правительством Российской Федерации было принято решение о создании Тюменского высшего военно-инженерного командного училища (ТВВИКУ) на базе Тюменского филиала Военно-инженерного университета.

22 июня 2007 года по Указу Президента Российской Федерации ТВВИКУ было вручено новое Боевое Знамя с российской символикой. Старое Красное Знамя передано на хранение в музей.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 24 декабря 2008 года и директивы Министра обороны Российской Федерации Тюменское высшее военно-инженерное командное училище реорганизовано в Филиал федерального государственного военного образовательного учреждения высшего образования «Военная академия войск радиационной, химической и биологической защиты и инженерных войск имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко» Министерства обороны Российской Федерации (филиал, г. Тюмень) - Тюменский военный институт инженерных войск.

С 2010 года училище готовит высококвалифицированных военных специалистов инженерных войск для иностранных государств.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 сентября 2011 года № 1639-р и в соответствии с приказом Министра обороны Российской Федерации от 23 марта 2012 года № 610 училище реорганизовано в Тюменский филиал Военного учебно-научного центра Сухопутных войск «Общевойсковая академия Вооруженных Сил Российской Федерации».

С 1 сентября 2013 года на основании Постановления Председателя Правительства Российской Федерации училище было переподчинено начальнику инженерных войск Вооруженных Сил Российской Федерации с возвращением исторически сложившегося наименования «Тюменское высшее военно-инженерное командное училище имени маршала инженерных войск А.И. Прошлякова».

В этом же году начальником училища назначен полковник Евмененко Дмитрий Феликсович.