С 27 августа 1941 года училище именовалось 2-е Тюменское военно-пехотное училище, а с 16 сентября 1941 года, войдя в состав Западно-Сибирского военного округа, училище получило свое прежнее наименование – Таллинское военно-пехотное.
10 сентября 1941 года училище сделало первый досрочный выпуск офицеров. Фронт получил 551 офицера в звании лейтенантов. В связи с войной срок обучения курсантов был сокращен до шести месяцев, а набор курсантов увеличен с двух до пяти батальонов. Выпускники училища первого выпуска в основном были направлены в 368-ю стрелковую дивизию, формировавшуюся в Тюмени. Выпускники-эстонцы убыли в распоряжение командования 7-й и 249-й эстонских дивизий, которые формировались под Челябинском. 12 лет после Великой Отечественной войны училище продолжало выпускать офицеров-пехотинцев. В конце 50-х годов происходит реорганизация и перевооружение всех видов Вооруженных Сил и родов войск, начинается перестройка системы военно-учебных заведений.